Creada en 1988, la Fundación Colección Thyssen-Bornemisza pertenece al sector público y es la encargada de la gestión del Museo, de su conservación, estudio, pública exposición y difusión de la colección de obras de arte que el Estado español adquirió en 1993. Desde 2004, se encarga también del préstamo a largo plazo de la Colección Carmen Thyssen-Bornemisza y de la ampliación del Palacio de Villahermosa. Desde la apertura al público del Museo en 1992, se ha incrementado el número y la variedad exposiciones temporales, los programas didácticos y diferentes actividades culturales y comerciales.